В общем некоторые толковые люди высказали такую интересную мысль, что элементарные частицы из которых состоит атом - есть кристаллизованная энергия.
Не в прямом смысле, а по аналогии со льдом.
Т.е. раньше вселенная представляла собой убер компактный сгусток энергии, потом он бабахнул и начал разлетаться.
По мере отдаления - падала "температура". Энергия начала превращаться в элементарные частицы, а те уже в атомы.
Собственно все сходится с тем, фотон может быть как волной, так и частицей.
И почему все еще "атом" называется так, ведь приставку "а" ставят к неделимым сущностям.